Органели, які присутні тільки у клітинах рослин і мають різне забарвлення, включають в себе головну органелу - цитоплазму, мітохондрії, а також клітинні органели, такі як хлорофілл, зерна старіння і цианоплазма. Цитоплазма має багато різних кольорів, від світло-жовтого до темно-коричневого, хлорофілл має зелений колір, цианоплазма має синій колір, а зерна старіння мають жовтий колір.