Первым московским князем стал шестой сын Всеволода III Большое Гнездо — Владимир[источник не указан 136 дней], который на несколько месяцев сел в Москве в 1213 году (захватив город у своего старшего брата, владимирского князя Юрия). Вскоре, однако, московская волость вернулась в состав владений великого князя, а Владимир Всеволодович был переведён в более престижный Переяславль-Южный. Около 1236 г. великий князь Владимирский Юрий Всеволодович выделил Московское княжество в удел своему юному сыну Владимиру. Во время нашествия Батыя Москва была разграблена и сожжена 20 января 1238 г., а защищавший её Владимир Юрьевич взят в плен и убит 3 февраля. Москва вновь вернулась в состав владений великого князя, Ярослава Всеволодовича. После его убийства в Орде в 1246 г. произошёл очередной раздел Владимиро-Суздальской земли. В 1247—1249 годах Москвой владел Михаил Ярославич Хоробрит (этот факт упомянут не во всех летописях и считается спорным). Однако он оказался не удовлетворён своим второстепенным положением. В 1248 г. Михаил совершил набег на стольный город Владимир, прогнал оттуда дядю Святослава Всеволодовича и занял великий стол в отсутствие старших братьев Александра и Андрея. Правил Михаил Ярославич Хоробрит совсем мало, зимой (15 января 1249 года) он погиб в битве с литовцами на берегу реки Протвы. Его останки были перенесены в Успенский собор Владимира. Михаил Хоробрит стал последним русским великим князем, погибшим в бою. По некоторым сведениям, после смерти Михаила остался его малолетний сын Борис, который и владел Московским княжеством с разрешения своего дяди, Александра Невского. Умер Борис Михайлович незадолго до 1263 года, не достигнув зрелого возраста.

По завещанию Александра Невского княжество в том же 1263 году было выделено в удел его младшему сыну — Даниилу Александровичу, за потомками которого оно и закрепилось. Сыном Даниила был Иван I (Калита) — дед Дмитрия Донского. Однако, на протяжении всего этого времени Московское княжество было удельным в составе Великого княжества Владимирского.