Verified answer

Дыхательные ферменты – вещества, которые образуют дыхательные цепи (цепи ферментов), передающие электроны от субстрата к кислороду.  

Дыхательные пигменты – вещества, способные легко связываться и отсоединяться от кислорода. Они являются его переносчиками. Например, гемоглобин, гемоциан. Состоят из белковой и небелковой части  - гема. Собственно гем отвечает за связывание и перенос кислорода.  

Четкого разделения у авторов на пигменты и ферменты дыхания нет. Речь о пигментах идет в сновном  в отношении многоклеточных животных. О ферментах - в отношении клеточного дыхания. По химическому строению они похожи – белковая и небелковая часть (гем).  И у эукариот, и у прокариот к дыхательным ферментам относят схожие по строению и функциям вещества - цитохромы, над, фад и т д

Пигменты увеличивают кислородную емкость жидкостей у многоклеточных животных, переносят кислород к тканям или связывают кислород в клетке,  участвуют в окислительно-восстановительных реакциях в организмах, депонируют кислород в клетках. Ферменты непосредственно образуют  дыхательные цепи на мембранах митохондрий и перетаскивают электроны от субстрата к субстрату.

У бактерий дыхательные ферменты находятся на мезосомах (впячиваниях цитоплзматической мембраны в клетку). Также есть ферменты, располагающиеся свободно в цитоплазме. У эукариотов они располагаются на мембранах митохондрий.

Судя по всему, строение ферментов более совершенно и специфично, чем пигментов. В нашей литературе термин дыхательные пигменты для бактерий не потребляется. По крайней мере в большинстве материалов и статей.