1532 року, за деякими версіями, здобув ступінь бакалавра Яґеллонського університету, (Краків) — у «промоційній книзі» університету є відповідний запис 1532 року стосовно особи на ім'я Joannes Feodorowicz Moschus.

У 1550-х роках був дияконом церкви Миколи Гостунського в Московському Кремлі. Можливо, працював у першій московській друкарні, що анонімно випустила сім видань у 1550-х роках.

З квітня 1563 по березень 1564 року разом із Петром Мстиславцем працював над підготовкою тексту, литтям шрифту й виготовленням гравюр для видання «Апостола». Сукупність художніх прийомів оформлення тексту, розроблена Іваном Федоровим, вплинула на подальше східнослов'янське друкарство. У післямові до «Апостола» 1564 року безпосереднім ініціатором створення друкарні названий цар Іван IV Грозний.

До 1565 року Іван Федоров і Петро Мстиславць надрукували кілька літургійних церковнослов'янських книг.

Після спалення їхньої друкарні[3] обидва друкарі залишили Москву; осіли в Заблудові (північне Підляшшя, на межі польських і білоруських земель), у маєтку литовського гетьмана Григорія Ходкевича, згодом прихильника Івана IV Грозного як претендента на польський престол. Існує припущення, що друкарі втекли з Москви від переслідування, бо нова техніка створила конкуренцію московським переписувачам книг.

У Заблудові Іван Федоров змінив своє московське прізвище на Федорович. Найменування Федоров — за іменем батька свідчить про те, що він не належав до знатної родини. У Московії так називали людей не іменитих, бо лише знатним дозволялося вживати форми на -ич. У Білорусі та Україні, таких обмежень не існувало, і друкар називав себе «Іваном Федоровичем», додаючи до цього пояснення «з Москви», або «москвитин»[4].

Протягом 1569–1570 років були надруковані Учительне Євангеліє і Псалтир з Часословцем. Обидві книги прикрашені заставками й ініціалами: Євангеліє — геральдичною композицією, Псалтир — двома гравюрами. Передмови написані Іваном Федоровичем і Г. О. Ходкевичем.

1572 року Іван Федоров переїхав до Львова (без Петра Мстиславця).