Важнейшим, градообразующим предприятием города по праву является ГНЦ ВБ «Вектор», который является одним из крупнейших научно-производственных комплексов в Сибири. Основными задачами, поставленными перед Центром,  являются, как научное, так и практическое обеспечение, и противодействие, до сегодняшнего дня актуальным, глобальным, биологическим угрозам. Помимо этого предприятие занимается фундаментальными исследованиями в важнейших областях биологии, таких как генная инженерия, эпидемиология, биотехнология, вирусология, экология и биологическая безопасность, бактериологии и др. Все знания накопленные в результате фундаментальных исследований в «Векторе» успешно применяют на практике. Здесь разрабатываются самые эффективные методы и средства для лечения, профилактики, диагностики различных инфекционных заболеваний, совершенствуются методы борьбы с инфекционным патогенам.

Так же в городе Кольцове работают более мелкие предприятия по производству натуральной косметики, диабетических продуктов, препаратов для ветеринарии, программного обеспечения.

В Кольцово с 2007 года действует бизнес-инкубатор для начинающих предпринимателей. В том же году в городе началось строительство технопарка. На площадке технопарка уже размещено производство производства широкоформатных принтеров и чернил к ним.

С 2003 года в связи с приобретением статуса наукограда в городе активно начинается желищное строительство, строится новый микрорайон