У архей відсутні ядро, ендоплазматична сітка, апарат Ґольджі, мітохондрії, пластиди та інші мембранні орґанели, що притаманно бактеріям.

У ДНК археїв наявні інтрони, невеличкі частинки ДНК, що не несуть жодної інформації, а лише розділяють інформативні ділянки екзони, які відрізняються від бактеріальних та евкаріотичних. Окрім інтронів, у археїв інша структура клітинних стінок, мембран, а також “джгутиків”, метаболічних шляхів, тощо…