Фермент пепсин (що утворюється під дією соляної кислоти, з пепсиногену, який виділяється головними клітинами шлунка) розщеплює складні білки на простіші молекули амінокислот. Шлунковий сік містить також ферменти, які розщеплюють жири (наприклад, жири молока).