Шкіра. Рептилії мають суху, лускату шкіру. Амфібії ж мають слизьку, гладку, вологу, рівну шкіру. Шкіра амфібій не може висихати, інакше тварина помре.

Спосіб життя. Рептилії можуть жити в сухих, жарких, сонячних місцях. Амфібії ж навпаки: живуть у вологих, тінистих, часто прохолодних місцях.

Дихання. Рептилії мають легені, більш пристосовані до наземного способу життя. Легені амфібій ж більше схожі на риб’ячі.

Пересування речовин. Рептилії відрізняються від амфібій більш повним поділом артеріального і венозного потоків крові. Кров в серці не змішується, що набуває сенсу лише при випаданні дихальної функції шкіри, від якої артеріальна кров проносилася в венозну половину серця.

Розмноження. Амфібії відкладають ікру або яйця в м’якій шкаралупі; яйця рептилій мають тверду шкаралупу.

На додаток до попереднього: амфібії відкладають яйця тільки в воді, рептилії – тільки на суші.

Личинки амфібій, на відміну від дитинчат рептилій, не схожі на дорослих особин.

Дихання. Амфібії можуть дихати під водою, рептилії – ні.

У амфібій немає тазових нирок.

У рептилій більш розвинений мозок.

У рептилій більш розвинений зір, опуклими очима володіють тільки амфібії.

У сучасних рептилій більш потужні щелепи. Втім, у доісторичних амфібій щелепи могли бути сильніше крокодилячих.