Длина (количество элементов) списка a равна 4. Это связано с тем, что список a содержит четыре элемента, каждый из которых является списком из трех целых чисел:

a = [[1, 2, 3], [3, 6, 4], [2, 0, 9], [5, 7, 8]]

   |---------|  |---------|  |---------|  |---------|

       a[0]          a[1]          a[2]          a[3]

Таким образом, функция len(a) вернет значение 4, которое равно количеству элементов списка a.