Ваш одноклассник стал склонять слово "сон" и с удивлением заметил, что пропала буква "о". Когда и почему так происходит?

Сон☐ (2-е скл.) - сна (Р.п.), сну (Д.п.), сном (Т.п.), о сне (П.п).

Беглая гласная, появляющаяся при склонении, характерна для слов имеющих в нач. форме нулевое окончание (2-е и 3-е склонение). Беглая гласная О характерна в корне после твердых парных согласных (здесь - [c]).