Амеба питается бактериями, одноклеточными водорослями и мелкими простейшими, соответственно, она ответственна за регуляцию численности бактериальных организмов в озерах и прудах.

Амебой питаются различные животные, она участвует в пищевой цепи.

Дизентирийная амеба (обыкновенная амеба, переживающая неблагоприятные условия среды) является возбудителем заболеваний для человека и животных.

Существуют также придонные амебы - фораминиферы, которые участвуют в образовании известей. Известь в первую очередь используется как строительный материал человеком.