Джон Донн народився між 24 січня і 19 червня 1572 року в Лондоні в католицькій сім'ї. Його батько,Джон Донн, був старостою цеху лондонських торговців залізними товарами. Мати, Елізабет Хейвуд, також походила з католицької сім'ї, була дочкою драматурга Джона Хейвуд і внучатою племінницею Томаса Мора. Члени сім'ї з-за приналежності до католицької церкви не раз піддавалися переслідуванням з боку влади. Батько помер, коли синові було три роки. Мати Донна через кілька місяців вийшла заміж за багатого вдівця Джона Сімінджеса. Донн виховувався в дусі католицизму. Навчався в Оксфордському і Кембриджському університетах, але ні там, ні там не отримав диплома: діяли обмеження, введені для католиків. Продовжив навчання в школі баристерів Лінкольнз Інн. Тут же вчився і брат Донна Генрі до свого арешту в 1593 році за надання притулку католицького священика Генрі Харрінгтона.

Після закінчення навчання Донн вів розсіяний спосіб життя, витративши більшу частину своєї спадщини. У 1596-1597 роках здійснив подорож на європейський континент, брав участь у військових походах Волтера Релі і графа Ессекса в Кадіс і на Азорські острови. Його перший біограф Ісаак Уолтон писав у 1640 році, що Донн не повернувся відразу в Англію, а кілька років прожив в Італії та Іспанії, знайомлячись із законами і звичаями і вивчаючи мови цих країн. Після повернення Донн влаштувався на роботу секретарем у впливового придворного, зберігача королівської печатки, сера Томаса Еджертона. Закохавшись у племінницю патрона, Анну Мор, таємно одружився на ній (1601). КолиЕджертон дізнався про це, він вигнав Донна і добився його ув'язнення.