Многоножки дышат через отверстия по бокам тела, так  называемые дыхальца. Они расположены между верхним и нижним хитиновыми щитами и сразу за ногами. Воздух проходит через тонкие трубочки – трахеи. По трахеям  кислород проникает в тело, этот процесс называется диффузией. Они ведут в большую трахейную камеру, которая снабжает различные части тела кислородом. У большой сколопендры (перуанской многоножки) дыхальца расположены на 4,6,8,11,13,15,17,19, и 21 сегментах. Отверстия имеют круглую, треугольную или S-образную форму. В отличие от насекомых, дыхальца многоножек не закрываются, поэтому обезвоживание может произойти довольно быстро.