Атом - мельчайшая частица хим элемента из таблицы Менделеева. А молекула - структурная частица вещества, состоящая из нескольких атомов. От расположения и взаимосвязей атомов зависит каким будет вещество, например: алмазы и уголь состоят из одного и того же хим элемента - углерода, но разница между ними налицо, кроме того углерод бывает газообразный - элемент один, атомы одинаковые, а молекулы разные. Ну а есть в-ва молекулы которых состоят из атомов разных элементов: вода, резина; углекислый газ и тп