В 1681 г. тяжело больному Никону было разрешено вернуться в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. Он скончался 17 августа 1681 г. близь Ярославля. Был погребен в Воскресенском монастыре, по настоянию царя Федора Алексеевича. Самодержец лично читал над покойным Псалтырь.

Царь Феодор Алексеевич вёл долгие переговоры с восточными патриархами, о посмертном возвращении Никону сана патриарха. Что ему удалось, не смотря сопротивление патриарха Иоакима.

Не смотря на личное осуждение патриарха Никона. Его борьба не была бесплодной. Богослужебные новшества не были отменены и сохраняются в русской православном богослужении. При патриархе Иоасафе II был ликвидирован Монастырский приказ. Прессинг на церковную автономию был ослаблен на несколько десятелетий. Патриарх Никон остается для православных верующих людей символом несгибаемой борьбы церкви против натиска секулярного мира.

Иерей Илья Мотыка, кандидат исторических наук, доцент кафедры дореволюционной отечественной истории, археолгии и этнографии Историко-социологического инстита Мордовского государственного университета им. Н. П. Огарева