С первых дней войны наиболее важной задачей для органов госбезопасности прифронтовых областей стало противодействие разведывательно-подрывной деятельности вражеских спецслужб.

В числе задач, которые возлагались на истребительные батальоны, были: розыск заброшенных вражеских агентов и диверсантов, охрана наиболее важных объектов промышленности и транспорта и т. п. Тыл был надёжно защищён.

Органы военной контрразведки в первый период войны главное внимание уделяли борьбе с паникёрами и дезертирами, затем выявляли агентов германских спецслужб, обеспечивали скрытность подготовки частей Советской армии к наступлениям.

С апреля 1943 г. основная задача по обеспечению высокой боеготовности частей Советской армии была возложена на самостоятельное Главное управление контрразведки СМЕРШ (Смерть шпионам!). После захвата вражеских агентов, их перевербовки сотрудники управления проводили радиоигры в целях дезинформации противника, выявления новых агентов.

Оперативные группы по линии органов госбезопасности, военной разведки забрасывались в тыл противника. Они осуществляли разведывательные операции в тылу врага, противостояли разведывательным и контрразведывательным органам противника, занимались диверсиями, а при необходимости вели боевые действия.

В тылу гитлеровских оккупантов, в ряде городов (Киев, Одесса, Николаев и т. д.) создавались нелегальные резидентуры для проведения разведывательно-диверсионных операций.

Перед территориальными органами НКВД—НКГБ стояли задачи обеспечения спокойного развития тыла страны от любых попыток дезорганизации действиями германских спецслужб.

Предотвращение попыток сформировать националистические повстанческие отряды.

В территориальных органах особое внимание уделялось выявлению причин невыполнения оборонными предприятиями военных заказов. Информация о нарушениях технологии производства военной продукции постоянно направлялась в контролирующие органы для предотвращения аварий и срыва оборонных заказов.