Думаю, тому, що змія в багатьох культурах символ мудрості.

можна додати, що змія - це неоднозначність навколишнього світу. Начебто маленьке злісне істота, але саме вона виявилося в силах допомогти Маленькому принцу розібратися в тому, що з ним сталося, визначитися в тому, чого він хоче, і виконати його бажання-повернутися на свою планету