У мхов нет корней, у них ризоиды, у папоротников-корневище

А также у мхов в жизненном цикле преобладает гаметофит, а у папоротников-спорофит

У папоротников гаметофит представлен отдельным растением, а у мхов спорофит находится на гаметофите.