История Карлукского каганата оказалась недолгой. В 940 году столица государства Баласагун была захвачена тюрками Восточного Туркестана — чигилями и ягма — и Карлукский каганат перестал существовать[2][3]. В Семиречье власть переходит к новой династии — Караханидам, которые на долгое время смогли объединить карлукские и тюргешские племена Жетысу и долины Сырдарьи.

Часть карлуков откочевали за реки Или и там создали новое государство — Карлукское ханство со столицей в Койлыке.