Эксперты утверждают, что одной из экологических проблем Амура является эвтрофикация, а именно чрезмерное насыщение водоема биогенными элементами. В результате в воде значительно увеличивается количество водорослей и планктона, появляется большое количество азота и фосфора, а кислород уменьшается. В дальнейшем это приводит к вымиранию флоры и фауны реки.

Анализируя состояние воды в р. Амур, специалисты определяют ее как грязную и очень грязную, и в различных регионах показатели отличаются. Этому способствуют бытовые и промышленные стоки.