Здравствуйте. Итак, постараюсь максимально подробно ответить на ваш  вопрос :

Да - все настройки вернутся к заводским параметрам, если удалить msi afterburner включительно.

= Почему это так работает ?

Всё довольно просто - все сохранения, параметры : сохранены и вшиты в сам .exe файл.

= А как компьютер находится в постоянно разогнанном состоянии, пока установлено это приложение ?

Msi afterburner находится в autoexec и начинает бодрствовать вместе с вашей осью.