В XIV—XV веках на месте посёлка существовало марийское поселение. Первое упоминание о деревне Баках относится к 1617 году. В 1635 году в деревне была построена церковь в честь Николы Чудотворца и с этого момента село носило двойное название Никольское-Баки. Село было центромразинского движения на Ветлуге под руководством разинского атамана Ильи Долгополова. 17 декабря 1670 года на центральной площади села состоялась казнь повстанцев.

С 1923 года село носит нынешнее название. Статус посёлка городского типа с 1947 года.

В 1989 г. в Красных Баках была сформирована отдельная дорожно-строительная бригада ЦДСУ МО СССР для выполнения государственных задач, впоследствии расформированная.