в клетке имеется одно небольшое ядро; один или два хлоропласта корытовидной формы различных оттенков жёлтого цвета; другие органоиды, характерные для эукариотической клетки

пигменты — хлорофиллы a и c, β-каротин, ксантофиллы (в особенности фукоксантин и лютеин, собственно и придающие водорослям характерную окраску; также антераксантин, зеаксантин, неоксантин, виолаксантин)

запасные питательные вещества — масла, хризоламинарин, лейкозин, у некоторых — волютин и гликоген

у подвижных форм имеются два жгутика (иногда один), различной или одинаковой длины; стигма

вегетативное размножение — простым делением, либо распадом колонии или многоклеточного таллома

бесполое размножение — одно- или двужгутиковыми зооспорами, амёбоидами или автоспорами

половой процесс встречается редко, в основном в виде изогамии, хологамии и автогамии.

жизненный цикл гаплоидный с зиготической редукцией, покоящаяся стадия - стоматоциста.