"Из-за этого опасаясь мелей, командир взял маристее и шел по компасу".

"опасаясь" - деепричастие, есть зависимое слово ("опасаясь мелей"), поэтому "из-за этого опасаясь мелей" - деепричастный оборот, соответственно, запятая ставится перед главной частью.