В начале 1881 года Пирогов обратил внимание на боль и раздражение на слизистой твёрдого нёба. 24 мая 1881 года Н.В.Склифосовский установил наличие у Пирогова рака верхней челюсти. Умер Пирогов в 20 часов 25 минут 23 ноября 1881 года в селе Вишня.