Если это животное: то инстинкты им руководят.

Например: пчелы инстинктивно находят дорогу в свой улей, даже если они на далёком расстоянии.

Если человек: то им руководят не инстинкты, а разум.

Например: у человека есть инстинкты самосохранения, когда он чувствует приближающуюся опасность.

(Вроде бы так)