Отличить просто.

Кинуть камень в стекло.Кинуть камень (во что?) в стекло.(Это винительный падеж.)

В сундуке лежат ракушки. Ракушки лежат (в чем?) в сундуке.( Это преложный падеж.)

зайти в комнату(во что)кот в комнате (где,в чем)