Ответ:

Если речь идёт о корабле в открытом космосе - то необходимо дать импульс в сторону, по ходу движения (то есть, изменить вектор тяги в противоположную сторону). Можно развернуть корабль по вектору движения и включить двигатели, можно дать тягу из любого другого источника (маневровые двигатели), абсолютно любые другие виды устройств, дающих возможность к движению (например, солнечный парус, но его пока что нет). Не полностью остановить, а затормозить можно подстроив траекторию полёта так, чтобы сила притяжения какой-то планеты затормозила корабль. Если речь про вход в атмосферу, то тут всё ещё проще: к двигателям добавляется воздушные тормоза и парашюты.