Возможно речь идет о его теории, которая построена на избранности одних и уничтожения других. Раскольников понимает что он не Наполион, что в отличие от своего кумира, спокойно жертвовашего жизнями десятков тысяч людей, о не в состоянии справиться со своими чувствами после убийства одной "гаденькой старушонки": "я нне человека убил, я принцип убил!". Принцип этот - его совесть. Стать "властелином" ему мешает всячески заглушаемый им зов добра. Человеческая натура Родиона противится нечеловеческой, безнравственной теории. 

Возможно, речь идёт о том что душа после очернения себя убийством должна воскреснуть из тьмы и смыть с себя кровь, а   мучительное очищение это приходит с страданием главного героя.