What happened? - употребляеться в past simple, когда мы говорим о действие которое произошло в определенный момент в прошлом

Пример: - What happened to you yesterday?

( - Что случилось с тобой вчера?

What had happened? - употребляется в past perfect, когда мы говорим о действии которое произошло до другого прошедшего действия (или до указанного момента в прошлом)

Пример: - What had happened before he arrived home?

( - Что случилось перед тем как он приехал домой?)

What has happened - употребляется употребляется в present perfect, когда мы говорим о действие которое только что закончилась, и результат его в настоящем

Пример: - What has just happend?

( - Что только что произошло?)