Восстание началось в 1571 году после успешного похода и сожжения Москвы крымским ханом Девлет-Гиреем. В подготовке восстания участвовал марийский князь Качак. Восставшие рассчитывали на поддержку крымцев, но крымские татары после тяжёлых поражений от русских войск не были способны на оказание помощи. Сильное влияние на восставших оказывали марийские жрецы — карты, недовольные насильственным обращением в православие.

Царские власти проводили карательные операции, проводили переговоры с умеренными силами, строили крепости, и к 1574 году восстание было подавлено. В 1574 году на земле луговых марийцев была основана крепость Кокшайск, что повлекло усиление позиций царской администрации в этом крае.

Вооружённое выступление марийского народа против политики царских властей началось в 1581 году. Вместе с марийцами в восстании участвовали и другие народы Поволжья: чуваши, мордва, татары, а также удмурты.

На подавление восстания были отправлены войска под общим командованием Ивана Мстиславского, остальными начальниками определили Фёдора Шереметева, Дмитрия Хворостинина, Михаила Салтыкова, Ефима Бутурлина, Меркула Щербатова.

Были проведены карательные операции, а также были возведены новые крепости, такие как Козьмодемьянск, Царевококшайск, Царёвосанчурск. В 1584 году состоялся последний зимний поход. Весной 1585 года «добили челом государю царю и великому князю Федору Ивановичу всея Руси черемиса вековым миром». Борис Годунов заверил повстанцев, что царь, забывая старые преступления, готов помиловать виновных в случае искреннего раскаяния; они прислали старейшин в Москву и дали клятву в верности. Восстание было усмирено не столько военной силой, сколько щедрыми подарками и обещаниями. Грамоты от государя были посланы окольничим и воеводам Ф. В. Шереметеву и князю Д. И. Хворостинину с товарищами.

Марийцам запрещалось заниматься кузнечным делом, селиться в городах и оставаться в них на ночлег. Они были выселены с берегов крупных рек, в том числе и с Вятки