потому, что list_el[1].  

Индекс не меняется. А в цикле его надо менять, чтобы добавлялся в каждый индекс списка

вместо 1 напиши  i

list_el = [[1,2,3],[5,6,7]]

for i in range(0,len(list_el)):

   for j in range(len(list_el[i])):

       list_el[i].append(333)

       print(list_el[i][j],end = ' ')

print()        

print(list_el)