да может так как внутренняя энергия системы может переходить, в частности, в кинетическую или потенциальную энергию.

Может. Механическая энергия тела переходит во внутреннюю энергию, которая представляет из себя кинетическую энергию движения молекул тела и потенциальную энергию их взаимодействия. Иными словами, энергия тела "распределяется" между его молекулами.