Можно, и для этого существует много способов. 
1) По физическим свойствам
В школьных условиях по этим свойствам можно легко определить хлороводород, он имеет резкий запах, остальные два газа не имеют, а всякие глубокие физические анализы вы проводить все равно не будете. Так что метан с водородом наверное отличить так не получится.
2)Индикаторы сработают на хлороводород, если его растворить в воде, ведь это соляная кислота. Метан с водородом никак не отличить индикатором пожалуй.
3)Самый верный способ - провести реакции
Даже при небольшой температуре вододор будет реагировать с щелочными металлами с образование гидридов.
А метан можно например окислить по цепному-радикальному механизму при давлении большом, естственно, и получить муравьиную кислоту с водой.