В 1552 русские полки шли на победоносный штурм Казани под стягом «Всемилостивейшего Спаса». В летописной записи об осаде Казани Иваном Грозным (1552) говорится: «и велел государь херугви христианские развертити, сиречь знамя, на них образ Господа нашего Иисуса Христа Нерукотворенный, и наверх водружен животворящий крест, иже бе у прародителя его, государя нашего, достохвалного великаго князя Дмитриа на Дону». Знамя Ивана Грозного полтора века сопровождало русскую армию. При царице Софье Алексеевне оно побывало в Крымских походах, а при Петре I — в Азовском походе и на войне со шведами.

В Лицевом летописном своде помещено изображение знамени Ивана Грозного в Казанском походе — раздвоенное белое с изображением Спаса и восьмиконечным крестом над ним. По другим данным знамя (вероятно полковое) было красным с изображением Спаса. Копия этого знамени, много раз отреставрированная, по сей день хранится в Оружейной палате Кремля.

Хорошо известен так называемый «Великий стяг» Ивана Грозного. Это полотнище в виде трапеции (с откосом). У древка на лазуревом поле изображён Святой Михаил на коне. На откосе «сахарного» цвета изображён Христос. Знамя имеет кайму «брусничного цвета», у откоса дополнительно кайма «макового» цвета.

В 1612 году над ополчением, вышедшем из Нижнего Новгорода к Москве, развевалось знамя Дмитрия Пожарского. Оно было малинового цвета и на одной своей стороне несло образ Господа Вседержителя, а на другой — архангела Михаила. Народное ополчение под предводительством Козьмы Минина и Дмитрия Пожарского положило конец Смуте, освобождению от польско-литовского ига и освободило Москву от захватчиков. Враги и предатели России были изгнаны, а русская государственность восстановлена. Знамя князя Пожарского по наступлении мирного времени было помещено в церкви и почиталось наравне с иконами. В грозный год наполеоновского нашествия со знамени Пожарского была сделана точная копия и вручена Нижегородскому ополчению.

Религиозные сюжеты изображались и на других царских знамёнах. На алом знамени Алексея Михайловича, например, изображался лик Спасителя.

В 1669 году приглашённые царём Алексеем Михайловичем польские живописцы Станислав Лопуцкий и Иван Мировский нарисовали для царского дворца в Коломенском «клейма (то есть гербы) государевы и всех вселенских сего света государств». Затем Лопуцкий изобразил «на полотне герб Московского государства и иных окрестных государств гербы или клеймы, а под всяким гербом планеты, под которым каковы» — это было белое прямоугольное знамя с «откосом», с широкой красной каймой с титулатурой, в центре которого изображался золотой двуглавый орёл и эмблемы, символизирующие подвластные царства, княжества и земли. В описи Оружейной палаты о гербовом знамени сказано: «В кругу изображён двуглавый орел, коронованный двумя коронами, а в груди у него царь на коне колет копием змия»[14].

Гербовое знамя Петра I создано в 1696 году по отцовскому образцу старой формы с центральной частью и откосом. Изготовлено из красной тафты с белой каймой, в центре изображался золотой орёл, парящий над морем, на груди орла в круге — Спаситель, рядом — Святой Дух и святые апостолы Пётр и Павел[15]. Вероятно, знамя было изготовлено ко второму Азовскому походу.

До второй половины XVII века о флагах в России ничего не известно, за исключением изображения корабля «Фредерик», на котором в 1636 году в Персию отправился русский посланник Алексей Савин Романчуков совместно с голштинским посольством[16].