Иммунная система организма защищает организм от генетически чужеродного (как внешнего, так и изменённого собственного) агента. Она служит для сохранения биологической индивидуальности организма. Иммунная система состоит из специализированных клеток и органов, в которых эти клетки созревают и встречаются с чужеродными агентами. Органы иммунной системы состоят из лимфоидной ткани, поэтому зачастую их рассматривают в составе лимфатической системы. Кроме того, иммунная система тесно связана с кровеносной, т. к. большинство её клеток образуется в кроветворных тканях и некоторое время находится в кровотоке, а Т-лимфоциты (о них будет сказано далее) постоянно циркулируют то в крови, то в лимфе.

Центральную роль в иммунной системе играют лимфоциты, которые благодаря рецепторам способны реагировать с антигенами. Именно они с помощью других клеток иммунной системы обеспечивают различные формы иммунного ответа. Образовавшись в красном костном мозге, незрелые лимфоциты попадают в первичные (центральные) лимфоидные органы, (тимус (вилочковая железа) и костный мозг). В них лимфоциты подвергаются определённому отбору, и созревают только те из них, которые реагируют на чужеродные вещества (антигены), а не на нормальные ткани организма. Часть лимфоцитов завершает своё развитие в тимусе — это Т-лимфоциты (тимус-зависимые), а часть — в костном мозге (В-лимфоциты). Тимус, кроме того, координирует работу всей иммунной системы. Он состоит из двух долей и расположен за грудиной. Развитие тимуса происходит до полового созревания, после чего начинается его постепенная атрофия.