Выражение *по сути* запятыми может отделяться, а может и нет, так как оно может быть и вводным словом, и членом предложения. То есть каждый раз надо ориентироваться по смыслу.

Если близко по значению к выражению *в сущности говоря* и не связано грамматически с другими членами предложения (к нему нельзя поставить вопрос от другого слова), то выделяется запятыми.

Но ведь, по сути, это был обычный человек.

Но ведь, в сущности говоря, это был обычный человек.

Запятые нужны.

Возражайте по сути вопроса, а не вообще! - запятые не ставятся