Главными методами селекции выступают искусственный отбор, гибридизация, мутагенез и полиплоидия.

Искусственный отбор — это выбор человеком наиболее ценных для него особей животных и растений данного вида, породы или сорта для получения от них потомства с желательными свойствами.

Гибридизация — это процесс создания гибридов из двух отличающихся по генотипу родительских организмов, размножающихся половым путем. Ярким примером гетерозиса является мул — межвидовой гибрид, полученный скрещиванием лошади с ослом. Мутагенез — это процесс возникновения наследственных изменений (мутаций) под влиянием различных физических и химических факторов (мутагенов).

Полиплоидия — наследственное изменение, характеризующееся многократным увеличением гаплоидного набора хромосом в клетках организма.