Стебель у лилий может быть разной высоты - от 15-20 см у некоторых дикорастущих видов до 2,0-2,5 м у восточных лилий и их гибридов. Поверхность стебля - гладкая, иногда - опушенная, окраска - зеленая или коричневая.

У ряда видов и сортов на стебле в пазухах листьев к концу цветения образуются мелкие воздушные почколуковички (бульбы). Такие лилии называют бульбоносными, к ним относятся тигровая, бульбоносная, ланцетолистная и многие произошедшие от них сорта.

Почколуковички, попадая на землю, прорастают, обеспечивая таким образом размножение растений.