географическая изоляция - популяции не могут скрещиваться между собой из-за расстояния или физических преград. Соответственно, с течением времени(особенно если по разные стороны преграды разные условия обитания) накапливаются различия в генофонде. 

Экологическая изоляция - изоляция, создаваемая средой. между популяциями существуют генетически обусловленные различия в отношении их экологических потребностей и предпочтений. При этом жить они могут на одной территории.