Фаддей Беллинсгаузен родился на острове Эзель (ныне - Сааремаа, Эстония) 18 августа 1779 года. Общение с моряками, близость моря с раннего детства способствовали тому, что мальчик полюбил флот. В возрасте 10 лет его отдали в Морской корпус. Беллинсгаузен, будучи гардемарином, совершил плавание в Англию. В 1797 году он окончил корпус и служил в чине мичмана на кораблях Ревельской эскадры, плававших в Балтийском море.

Фаддей Беллинсгаузен в 1803-06 годы принимал участие в плавании Крузенштерна и Лисянского, что послужило для него отличной школой. Моряк по возвращении на родину продолжил свою службу в Балтийском флоте, а затем, в 1810 году, был переведен в Черноморский флот. Здесь он командовал сначала фрегатом "Минерва", а затем "Флора". Большая работа была проделана за годы службы на Черном море по уточнению морских карт в районе Кавказского побережья. Беллинсгаузен также осуществил ряд астрономических наблюдений. Он точно определил координаты важнейших пунктов побережья. К руководству экспедицией, таким образом, он пришел уже опытным моряком, ученым и исследователем.