Алый - цвет крови, можно сказать. Ассоль была фантазёркой, мечтала встретить свою любовь именно на корабле с алыми парусами (насколько я помню, так). И эти чувства героев ассоциируются с более ярким, насыщенным цветом, а не просто красным.

Да и звучит лучше)