Наверно потому что они в самом низу пищевой цепочки - очень многочисленны, плодовиты и неприхотливы, а ещё, у них очень короткий жизненный цикл. Амёбы ,вон, каждые 40 минут делятся. :) 
Как только условия жизни улучшились, популяция одноклеточных заполняет всё доступное простанство.