Дело в том, что восстание Пугачёва на самом деле имело не одно "двойное дно", и Пушкин, как человек сенситивный, не мог этого не понимать.

Во-первых, это восстание стало последним всплеск начавшейся веком ранее борьбы староверов с официальным "православием". По сути староверчество было синтезом христианства и исконного русского язычества. Официальное же православие после никоновской реформы представляло собой слепок с греческой ортодоксии, лишенный национальной русской самобытности. Не секрет, что именно в казачьей среде, в Поволжье и Сибири было много староверов, взгляды которых были близки к идеологии европейских протестантов. Кто знает, если бы не никоновская реформа, возможно, капитализм пришел бы в России существенно раньше.

Во-вторых, по большому счету Екатерина, будучи узурпаторшей, к тому же германского происхождения, фактически ознаменовала собой окончательную утрату национального суверенитета русским народом. Процесс начался с Петра, после подавления Пугачёва он фактически завершился и вплоть до 1917 г. в России простой народ и элита говорили на разных языках, причем до середины 19 века в буквальном смысле - сначала на немецком, а потом на французском. Если уж мы говорим о татаро-монгольском иге, то период 1700-1917 гг. можно назвать европейским игом в истории нашей страны.

В-третьих, Пугачёвское восстание пытались активно использовать внешние игроки, прежде всего Польша (не секрет, что в штабе Пугачёва работали польские офицеры). Удайся поход Пугачёва - и вместо разделов Речи Посполитой не исключен был раздел "русского наследства", наподобие имевшего место в Смуту начала 17 века.

Так что как ни крути, а восстание Пугачёва было событием крайне важным в истории России. Да и от Пушкина его отделало всего 50 лет - события ещё были свежи в памяти.