Люди не создали их, однако используются ими для своих благ. - сс.с - наречие

Необходимо учитывать природные ресурсы (какие?), что связаны между собой. - сс.с - относительное местоимение (что = которые)

Вода исчезнет на определенной территории, и это негативно скажется на флоре, фауне, почве и даже климате. - сочинительный соединительный союз "и"

Необходимо учитывать (что?), что все природные ресурсы мира связаны между собой. -  подчинительный союз     (СПП с придаточным изъяснительным)