Применение системного анализа на практике оказывается целесообразным, как правило, в двух ситуациях: 1) когда исходным пунктом служит появление новой проблемы и 2) когда возникает новая возможность, найденная вне непосредственной связи с данным кругом проблем. В первом случае цель исследования — разрешение возникшей проблемы, что может повысить эффективность системы.

Путь исследования, обусловленного возникновением проблемы и осознанием необходимости ее решения, лежит на пути от оценки состояния самой системы и проблемы в направлении выбора наиболее эффективной альтернативы ее решения для данной системы.