Verified answer

Я понимаю, что с вами.

понимаю (что?), что с вами — изъяснительное придаточное.

[ – = ], (что --- ).

Придаточное, действительно, неполное: по смыслу там пропущено сказуемое наподобие «случилось/произошло», т.е. «что случилось с вами».