Родилась в графской семье герба Плятер, в Вильне. Католическое аристократическое семейство фон Плятер издавна укоренилось в Ливонии и затем в Великом княжестве Литовское, а происходило из Вестфалии.

В 1815 году, после развода родителей Францишка Ксаверия Плятера и его первой жены Анны фон Моль, Эмилия в возрасте девяти лет переехала с матерью к дальним родственникам Плятерам-Зибергам в их родовое имение Ликсна, в окрестностях Динабурга (Даугавпилса), на стыке латгальской и белорусской этнических стихий.

Живя на Витебщине у родственников, собирала и обрабатывала белорусские народные песни. Виртуозно владела жанром «голошения», исполняла на фортепиано народные мелодии, увлекалась белорусской хореографией, сама танцевала народные танцы. Пыталась писать белорусские стихи, в том числе стилизованные под народные «голошения». Как свидетельствовали многие современники, Эмилия Плятер всей душой стремилась к белорусскому жизненному укладу, знала бедствия и нищету народа, сочувствовала ему.