Сходство - довольно простое строение, развитый гаметофит, размножаются спорами, для размножения нужна вода, следовательно живут в относительно влажных местах.

Различия - у мхов в жизненном цикле доминирует гаметофит, а у папоротников - спорофит, соответственно у мхов зеленое растение - гаметофит, а у папоротников - спорофит.  

Папоротники более эволюционно продвинутые, у них есть корни, а у мхов нет.