Эдукационная комиссия реформировала систему начального, среднего и высшего образования, придала ей светский характер, расширила преподавание естественнонаучных дисциплин, ввела элементы физического воспитания, утвердила преподавание на польском языке.

Территория Речи Посполитой была разделена на десять учебных округов и Польскую и Литовскую учебные провинции. В Литовскую провинцию входило четыре округа, охватывавших часть Белоруссии, остававшуюся в составе Речи Посполитой после первого раздела (1772). Управляло образованием в ряде округов высшая школа, названная главной; в Литве такой школой стала Главная школа Великого княжества Литовского, в Польше — Ягеллонский университет. Для подготовки педагогов учреждались учительские семинарии. Комиссия организовала подготовку и издание новых учебников. Ещё при жизни Юзефа Залуского администрация библиотеки Залуских была передана Эдукационной комиссии.

Деятельность Эдукационной комиссии сыграла важную роль в развитии образования и науки в Литве и Польше, в развитии польской национальной культуры.